Kao kolonija sirakuških Dorana, Vis je osnovan početkom 4. st. pr. Kr. Grad je bio građen na terasama i utvrđen zidinama. U južnom dijelu grada nalazile su se terme s početka 1. st. Na poluotoku Prirovu nalazio se rimski teatar, vjerojatno građen na temeljima grčkog teatra nad kojim je u 16. st. podignut samostan konventualaca.
Vis je jedno od prvih grčkih naseobina na Jadranu s karakteristikama kasnije rimske kulture i vrlo burne povijesti. Gaj Julije Cezar, postavši carem, dokida samostalnost Isse i od tada Issa postaje dio rimskog imperija. Potom su ga osvajali Mlečani, zatim je dugo bio pod vlašću Venecije.
Propašću Venecije Vis dolazi nakratko pod Napoleonovu vlast od 1805. do 1815. Od 1811. do 1815. engleska mornarica oduzima Francuzima Vis i od njega čini centar trgovine na Jadranu. Slomom Napoleona Vis postaje sastavni dio Austrijskoga carstva od 1815. do 1918. Svršetkom I. sv. rata 1918. godine, Vis je okupiran od strane Italije. Okupacija traje do 1921. Od 1921. do 1941. godine, u sastavu je Kraljevine Jugoslavije.
Propast Kraljevine Jugoslavije i početak II. sv. rata 1941. godine, donosi u grad ponovno talijansku okupacijsku silu. Okupacija traje do 1943. godine, a prestaje kapitulacijom Italije. Komunisti i partizani, do tada u ilegali, istoga dana uspostavljaju vlast u gradu. Od tada, pa sve do okončanja II. sv. rata, Vis je u rukama partizana kao i engleskih i američkih vojnika.
U razdoblju od 1945. do 1990. godine Vis je bio vojna baza JNA, a turistima, pogotovo strancima, bio je uskraćen pristup.
Rušenjem Berlinskoga zida i padom socijalizma 1990. godine uspostavljena je suverena i samostalna Republika Hrvatska, a Vis je napokon postao slobodan.